Khu vực sinh sống ưa thích của cá sấu sông Nin là dọc theo các con sông, trong các đầm lầy nước ngọt hoặc trong các hồ; trong một số trường hợp chúng sinh sôi ở các vùng nước lợ chẳng hạn dọc theo các cửa sông hay ở các vùng ngập lụt có đước mọc.

Chúng được tìm thấy ở các vùng của châu Phi về phía nam sa mạc Sahara, ở Madagascar và dọc theo lưu vực sông Nin. Theo dòng lịch sử thì chúng đã từng tồn tại trên quần đảo Comoros (nằm giữa Madagascar và Mozambique), nhưng ngày nay không còn. Gần đây thôi cá sấu sông Nin còn hiện diện ở Israel, Jordan và Algérie. Sự vắng mặt của chúng ở nhiều nơi được quy cho là do sự mở rộng của khí hậu khô cằn và tương ứng với nó là sự suy giảm của các vùng đất ẩm ướt. Người ta gần như không còn tìm thấy chúng ở vùng đồng bằng châu thổ sông Nin hay dọc theo các vùng ven bờ biển Địa Trung Hải. Khu vực sinh sống của chúng đã bị thu hẹp chỉ còn trong vùng sinh thái nhiệt đới châu Phi.